La classification classique ou traditionnelle se base sur les ressemblances les plus évidentes entre espèces. Elle a été mise en place longtemps avant que l’idée d’évolution ne s’impose.
Ainsi, en utilisant les caractères les plus visibles, la classification classique ne permet pas d’estimer correctement les degrés de parenté entre espèces, et ce n’était pas son objectif d’origine. Elle est toutefois utile aux reconnaissances d’espèces par des clés de détermination, ou pour la gestion de collections biologiques. Elle est facilement utilisable par le grand public. Selon cette classification, un poisson sera toujours plus proche d’un autre poisson que d’une autre espèce non poisson.
Cela n’est en fait pas toujours vrai. En effet, les caractéristiques immédiates d’un poisson sont ses nageoires et ses écailles. Or l’un des caractères des humains est la présence de membre charnu et non rayonné. Et ce caractère est commun avec un poisson très connu : le cœlacanthe. Mais il n’est pas présent chez la truite par exemple. Un cœlacanthe est-il plus proche d’un humain ou d’une truite ? Faut-il utiliser pour établir la parenté la plus étroite, le membre charnu ou la présence de nageoires ?
Dans les années 1950, la classification phylogénétique voit le jour. C’est un système de classification des êtres vivants dont l’objectif est de rendre compte des degrés de parenté entre les espèces. Cela permet donc de comprendre leur histoire évolutive (ou phylogénie). Elle ne reconnaît pas certains groupes comme les reptiles ou les poissons contrairement à la classification classique.
La classification phylogénétique a remplacé la classification traditionnelle dans la plupart des milieux scientifiques et dans l’enseignement secondaire en France.